A defesa do juiz Wellington Militão dos Santos, suspeito de integrar a quadrilha especializada na liberação irregular de recursos do Fundo de Participação dos Municípios (FPM), ingressou com um habeas corpus no Supremo Tribunal Federal (STF), pedindo a nulidade do inquérito criminal e de todas as provas recolhidas pela Polícia Federal na Operação Pasárgada. O magistrado, que foi aposentado compulsoriamente pelo Conselho Nacional de Justiça (CNJ) em decorrência do seu suposto envolvimento no esquema, alega, na ação, que a Corregedoria-geral da Justiça Federal da 1ª Região não tinha competência para autorizar as ações. Nesse sentido, ele pede que se reconheça a ilicitude das provas documentais ou orais produzidas a partir dos atos e, em especial, das decisões cautelares de quebra de sigilo de comunicações, fiscal ou bancário, buscas e apreensões e de sequestro de bens. Seu pedido, caso seja acolhido, contemplará também os demais envolvidos, entre eles, o ex-prefeito Alberto Bejani (sem partido).
No inquérito, que tramita no Superior Tribunal de Justiça (STJ), a defesa de Militão também havia tentado desconsiderar as provas. Por meio de um agravo, os advogados do magistrado alegaram "ofensas a seus direitos fundamentais do devido processo legal, do juízo natural, da isonomia, da impessoalidade e da legalidade, causados primordialmente pela circunstância de a investigação prévia ter sido instaurada de início por mera autoridade policial e, depois, assumida e conduzida por singela autoridade disciplinar (o corregedor-geral do TRF-1)". Os argumentos são os mesmo que agora foram levados ao Supremo.
O apelo da defesa, no entanto, não convenceu os ministros do STJ, que rejeitou o agravo em outubro do ano passado. Na mesma sessão, foi determinado o desmembramento do processo, já transformado em ação penal, mantendo sob a jurisdição do STJ apenas os desembargadores federais denunciados pelo Ministério Público Federal. A parte dos autos envolvendo o juiz e outros denunciados foi encaminhada para a 4ª Vara Federal em Minas Gerais. Uma terceira parte do inquérito, tratada pelo Ministério Público Federal como "núcleo de Juiz de Fora", foi destinada ao promotor do Patrimônio Público, Paulo César Ramalho, que incluiu os desdobramentos das investigações nas ações apresentadas contra Bejani e o Grupo SIM – Instituto de Gestão Fiscal por ocasião do contrato milionário firmado, sem licitação, pela empresa com a Prefeitura de Juiz de Fora.