O Ministério Público Federal (MPF) em Juiz de Fora já instaurou procedimento administrativo para investigar a morte do militante Milton Soares de Castro, ligado ao Movimento Nacional Revolucionário (MNR). Preso na Serra do Caparaó, pela polícia do Exército, Milton foi encontrado morto, em 1967, dentro de uma cela na Penitenciária de Linhares, no entanto seu corpo ficou desaparecido por 35 anos. O local onde a ossada de Milton foi enterrada, no Cemitério Municipal, foi descoberto pela Tribuna, em 2002, na série de matérias Cova 312. A reportagem reuniu documentos que colocaram em xeque a versão do Exército de que ele teria cometido suicídio. As informações levantadas pelo jornal ajudaram a Comissão Especial Sobre Mortos e Desaparecidos Políticos a concluir que a morte de Milton foi provocada por causas não-naturais.
A investigação dos desaparecimentos e mortes ocorridas durante a ditadura militar em Minas pelo MPF está avançada em algumas cidades, como Belo Horizonte, onde seis inquéritos foram instaurados. A iniciativa foi tomada depois que o órgão, em Brasília, enviou às procuradorias dos estados listas com nomes de militantes que teriam sido vítimas de agentes do governo militar. O objetivo do trabalho é apurar e apontar a responsabilidade, quando houver. Apesar da iniciativa do MPF, há uma decisão do Supremo Tribunal Federal (STF) de não é possível que sejam reabertos crimes ocorridos durante o Governo Militar, e que, portanto, qualquer caso envolvendo militares não terá prosseguimento na Justiça.
A assessoria do MPF, na capital mineira, informa que o procedimento em Juiz de Fora está sob sigilo. Os nomes de militantes que teriam sido vítimas de agentes do governo militar foram extraídos do livro Direito à memória e à verdade, publicado em 2007, pela Comissão Especial Sobre Mortos e Desaparecidos Políticos. A publicação buscou recuperar a história de 479 militantes vítimas da ditadura entre 1961-1988. Na parte referente à Milton, a investigação realizada pela Tribuna, que ajudou a desvendar o caso, é citada.