Em 17 de fevereiro deste ano, o Supremo Tribunal Federal (STF) decidiu que pessoas condenadas em segunda instância devem começar a cumprir pena antes do trânsito em julgado (final do processo). Com a decisão, um condenado poderá iniciar o cumprimento da pena se a Justiça de segunda instância rejeitar o recurso de apelação e mantiver a condenação definida pela primeira instância. Ao negar o pedido de habeas corpus apresentado pela defesa de Bejani no dia 6 de junho, o ministro Dias Tóffoli observou essa nova regra e autorizou o cumprimento da pena provisória pelo ex-prefeito.
A proposta de modificação foi apresentada pelo ministro Teori Zavascki, seguida pelo voto de outros sete ministros contra quatro que se opuseram à medida. A nova jurisprudência admite que o princípio constitucional de presunção de inocência cessa após a confirmação da sentença pela segunda instância. A mudança no sistema penal ocorreu quando os ministros discutiram um habeas corpus apresentado por um homem, condenado a cinco anos e quatro meses de reclusão, em regime inicial fechado, por crime de roubo, que podia recorrer em liberdade. O caso foi citado por Bejani na delegacia.
À época da decisão, os ministros do STF entenderam que a mudança no sistema penal iria combater a ideia de morosidade da Justiça e a sensação de impunidade. Contrário à decisão da maioria dos ministros, o presidente do Supremo, Ricardo Lewandowski, afirmou que a Constituição é clara ao definir que ninguém pode cumprir pena antecipada antes do trânsito em julgado. Lewandowski também disse que ficou perplexo com a mudança de posicionamento da Corte, que, segundo ele, vai implicar no aumento da população carcerária.
O entendimento definido pela maioria do Supremo coincide com a proposta do juiz federal Sérgio Moro, responsável pela investigação da Operação Lava Jato. Em suas decisões e em audiências públicas no Congresso Nacional, Moro defendeu a prisão imediata de pessoas condenadas em segunda instância, mesmo que ainda estejam recorrendo aos tribunais superiores.