Decotelli não chegou a, de fato, comandar o ministério, pois desde o período em que foi escolhido pelo presidente Bolsonaro até o dia em que entregou sua carta de demissão a pedido do Palácio do Planalto, recebeu uma série de contestações de universidades estrangeiras e da Fundação GetUlio Vargas (FGV) – o que inviabilizou a posse como ministro.
O primeiro apontamento de inconsistências acadêmicas foi feito pela Universidade Nacional de Rosário, na Argentina. O reitor Franco Bartolacci disse que a tese de doutorado de Decotelli na instituição foi reprovada, portanto, ele não obteve o título de doutor na instituição argentina. Em seguida, foi a vez de a Universidade de Wuppertal, na Alemanha, também afirmar que Decotelli não fez pós-doutorado na instituição.
Apesar das inconsistências apontadas pelas universidades estrangeiras, além da acusação de plágio na dissertação de mestrado, Jair Bolsonaro ainda cogitava manter Decotelli no Ministério da Educação. Mas a nota da FGV contestando Decotelli o fragilizou ainda mais. Em nota, a fundação informou que Carlos Alberto Decotelli não foi pesquisador ou professor da instituição, apenas atuou como colaborador.
Decotelli se pronunciou sobre todos os casos e disse que mudaria o currículo para “dirimir quaisquer dúvidas”. Agora, com o documento atualizado novamente, Decotelli dá destaque à sua passagem no Ministério da Educação como ministro e como presidente do Fundo Nacional de Desenvolvimento da Educação, cargo ocupado entre 5 de fevereiro de 2019 até 29 de agosto do mesmo ano.